Le joueur prend le rôle d'un ami d'Atrus. Membre de la race D'ni, Atrus peut créer des liaisons vers d'autres mondes, appelés Âges, en écrivant des livres descriptifs. Dans Exile, Atrus a écrit un Âge pour que les D'ni puissent vivre tout en reconstruisant leur civilisation. Le livre est volé par un personnage mystérieux que le joueur poursuit pour tenter de le récupérer.